履约保证金是发包人为防止承包人在合同执行过程中违反合同规定或违约，到出现违约时，履约保证金能够弥补发包人的经济损失，一般约定为合同价的10%左右。
质量保证金是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金，一般未结算价款总额的3%。
当承包人在签订合同时已缴纳履约保证金，后期支付工程款时，发包人是否还能扣除质量保证金呢？
根据《建设工程质量保证金管理办法》规定：“保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金”。
国务院办公厅印发的《关于清理规范工程建设领域保证金的通知》也有类似规定：“在工程项目竣工前，已经纳履约保证金的，建设单位不得同时预留工程质量保证金”。
可见，当发包人要求承包人提供履约担保或缴纳履约保证金后，再要求承包人扣留工程质量保证金时，承包人可以拒绝。但是当履约担保到期或者发包人已返还履约保证金后，发包人要求承包人扣留质量保证金的，应当按照合同约定执行。
